W Estonii obowiązuje podstawowa stawka podatku VAT w wysokości 20%. Wniosek o zwrot podatku VAT z Estonii należy złożyć za pośrednictwem krajowego organu podatkowego przy pomocy środków elektronicznych. Komunikacja z estońskim urzędem możliwa jest w języku estońskim oraz angielskim.
Okres za jaki można się obiegać o zwrot podatku VAT z Estonii musi obejmować co najmniej 3 kolejno następujące po sobie miesiące kalendarzowe i nie może przekroczyć jednego roku kalendarzowego. Należy zwrócić uwagę iż wartość podatku VAT przy ubieganiu się o zwrot z Estonii za okres 12 miesięcy nie może wynosić mniej jak 50 Euro natomiast w przypadku jednego kwartału 400 Euro.
Termin na złożenie wniosku o zwrot podatku VAT z Estonii nie powinien przekraczać dziewięciu miesięcy po zakończeniu roku kalendarzowego którego dotyczy wniosek. Standardowa procedura rozpatrywania wniosku VAT-Ref z Estonii trwa do czterech miesięcy. W przypadku konieczności składania dodatkowych wyjaśnień procedura może się wydłużyć.